生态保护研究室（环境保护部荒漠化研究中心）为我所科技创新基地的重要组成部门，设生态保护与修复一级学科和生态保护规划与管理、流域水生态保护与修复、土地退化防治与矿山生态保护、遥感与地理信息系统应用四个二级学科。目前有研究员2名，副研究员4名。主要为环境保护部在区域生态保护、重要生态功能保护区建设、生态保护与恢复标准制订、矿山生态保护与恢复以及荒漠化防治等方面提供技术支持。生态保护研究室建有遥感与地理信息系统实验室。实验室拥有SGI工作站及ERDAS软件为平台的遥感数字图像处理系统和ARC/INFO软件为基础的地理信息系统设备。