生态质量综合监测站江苏长江站（湿地）位于长江三角洲重要河口区生态保护和修复区，聚焦于开展区域生态质量综合监测、长江干流水生生物、长江江豚和迁徙鸟类及其栖息地、岸线洲岛湿地生态系统长期监测研究。站内采用“3+N”的监测模式，下设三个分站点，分别为南京站、泰州站和扬州站，每个分站点下设多个监测点，覆盖全省多个沿江生物多样热点区域。江苏长江站（湿地）拥有野外监测站房1480平米，包括实验室、会议室、监控室、办公室、储存室和宿舍等各类功能用房。站内用于气象、水文、土壤、生物等因子的监测仪器设备共计165台套，包括长焦相机套组、显微镜、小型自动气象观测站、便携式多参数水质测定仪、无人机等仪器设备。

江苏长江站在南京龙袍湿地、长江干流和八卦洲，泰州市靖江市马洲岛、高港区春江湿地、泰兴市天星洲和扬州三江营湿地公园、扬州凤凰岛湿地公园等长江沿江湿地和洲岛点位分别设有野外固定监测样地、样线或样点。每个分站点均已开展生物群落、环境要素等长期监测工作，可开展区域生态质量和生物多样性长期监测评估工作。