南京所先后与国(境)外20多所大学、科研单位建立了长期互访、交流与科技合作关系，是世界自然保护联盟会员单位。

作为生态环境部履约的主要技术支持单位之一，我所多次参与国际环境公约的谈判工作，涉及《生物多样性公约》《生物安全议定书》《遗传资源获取和惠益分享名古屋议定书》《关于赔偿责任和补救的名古屋-吉隆坡补充议定书》《生物多样性和生态系统服务政府间科学-政策平台》《联合国 气候变化框架公约》《京都议定书》《斯德哥尔摩公约》《鹿 特丹公约》等。近年来，南京所在切实做好疫情防控的同时，克服困难充分利用和发掘远程视频、在线会议等模式，积极推进国际合作与交流工作。