保护地中心有自然保护地环境管理和资源开发生态评估两个学科，下设自然保护地调查监测、自然保护地评估预警、自然保护地规划、资源开发生态评估与信息技术4个研究室：

自然保护地调查监测研究室：主要开展自然保护地生物资源调查普查、生态环境监测及监测网络构建、人类活动及开发建设项目监测、科学考察，生物多样性保护、生境修复等理论和技术方法研究及应用。

自然保护地评估预警研究室：主要开展自然保护地生态环境状况评估、保护成效评估、环境风险预测预警、舆情监控、目标考核等理论和技术方法研究及应用。组织自然保护地法律法规、政策标准以及热点问题研究。

自然保护地规划研究室：主要开展自然保护地生态环境长期综合监测，大样地数字化、生态评价与生态规划、生态工程设计等技术方法研究，不同扰动模式下的自然保护地生境恢复机制机理研究。依托生态环境部南京环境科学研究所-山东省生态环境厅昆嵛山生态综合监测站开展暖温带森林生态系统长期定位观测与所厅共建模式探索。研究室现有成员7人，其中高级职称2人、具有博士学位3人。

资源开发生态评估与信息技术研究室：主要开展自然资源开发利用的生态风险识别、监控、影响评估及预警技术，生态环境效应、生态环境损益评估，资源开发生态保护修复、生态优化模式以及相关信息化、数字化技术等研究。