农村环境保护与有机食品发展研究中心始建于1994年，前身为环境保护局有机食品发展中心，是中国有机食品事业发起者，是推动中国有机事业发展的主力军和核心力量，开创了中国有机食品事业发展的先河。随着生态环境保护工作发展的需要，中心研究领域不断拓展，目前已经形成了三个有特色的学科方向，分别为农村环境保护与面源污染控制、良好土壤保持与污染修复、有机食品发展，成立了中国第一个有机认证机构（原“环境保护局有机食品发展中心”，现在的“南京国环有机产品认证中心有限公司”）。

农村环境保护与有机食品发展研究中心是我国最早提出“将推动有机食品发展成为农村环境保护和农业面源污染防治的重要抓手”论点的研究团队，近年来通过水专项、环保公益项目、科技支撑、重点研发专项、自然基金项目等，开展了基于有机、生态农业的农业环境保护与面源污染控制的模式构建，环境效益综合评估，有机生产精准技术，有机农业水土耦合保护技术等领域的研究，从环境微生物和农业固体废弃物资源化的角度，研发环境友好型农田土壤重金属修复技术。创新开展了有机食品示范县和示范基地认定工作，引领和推动了区域有机食品的高质量发展。