华东生态环境监测中心成立于2021年9月，主要承担南京所内外委托的环境分析测试工作、环境监测质量控制服务，负责建设大型仪器设备共享平台，实施平台日常维护管理，同时担负国家地方生态环境主管部门委托的监督性监测、环境事件应急监测和环境污染成因解析等工作。围绕打造高水平生态环境监测能力，着力建设国内一流的环境分析测试、复杂样品采集和应急快速响应平台；进一步强化新污染物、生物与生态毒理等特色检测能力；逐步形成新污染物筛选识别、超高灵敏检测及环境代谢机制与溯源分析等高端检测能力。

目前华东生态环境监测中心专职兼职员工共35人（研究员4人，研究生以上学历占比65%）；实验室占地面积4000 m²，各类大型分析测试仪器32台/套，固定资产超5000万，涵盖了土壤（沉积物）、水（地下水）、气（废气）、固废、化学品、生物毒性等领域，以及二噁英、同位素示踪代谢、靶向非靶向检测等高端分析检测研究领域。