生态环境部南京环境科学研究所司法鉴定所于2018年5月正式挂牌成立，是生态环境部直属单位成立的第一家综合、大型环境损害司法鉴定机构，也是全国最大型、具备跨区域协同鉴定能力的环境损害司法鉴定机构。作为专业的环境技术咨询机构，司法鉴定所可为环境司法、监管执法、生态环境损害鉴定评估与赔偿等工作提供技术支撑，目前已开展江苏、浙江、安徽、山东、江西等全国15个省（市）司法鉴定和环境损害鉴定评估项目200余件，为各地方生态环境主管部门和司法机关打击环境污染犯罪和生态环境损害赔偿提供了科学规范的技术支持，其中，10余件案件为生态环境部、公安部、最高检联合挂牌督办、现场督办的大案要案，20余件案例入选生态环境部、最高检、最高法“典型案例”。