国家环境保护呼伦湖湿地生态环境科学观测研究站（以下简称“呼伦湖站”）于2021年11月29日获生态环境部批复建设（环科财函〔2021〕122号），是南京所获批建设的第二个国家环境保护科学观测研究站，也是唯一的水生态环境领域的部级观测研究平台。

呼伦湖站发展定位为：以习近平生态文明思想和习近平总书记对内蒙古工作的重要讲话及对呼伦湖保护与治理工作的重要指示批示精神为指导，遵循山水林田湖草生命共同体理念，以改善生态环境质量为核心，以不断提升国家和地方生态环境管理支撑能力为目标导向，以呼伦湖湿地萎缩、水生态功能退化、生物多样性下降等突出生态环境问题为问题导向，以观测研究典型北方寒冷干旱内陆地区湖泊湿地生态环境变化规律、问题发生机制、解决对策等为成果导向，开展长期、系统、多介质的定点科学观测，摸清典型北方寒冷干旱内陆地区湖泊湿地生态环境本底并跟踪其动态变化，支撑湖泊水生态环境监测评价、湖泊自然生态保护等监管工作，构建形成我国典型北方寒冷干旱内陆地区湖泊湿地科学观测研究平台。