中心已建成流域水环境监控预警、流域面源水污染防治、水污染治理新技术、饮用水安全保障、水生态模拟及流域水生态修复等多个实验室，总面积约345m²。其中常规实验室面积约225m²，包括离子色谱、气相色谱、沉积物界面微环境原位监测系统、SKALAR流动分析仪、电感耦合等离子体发射光谱元素分析仪、声学多普勒流速剖面系统、多角度粒度与高灵敏度Zeta电位分析仪、实时荧光定量PCR仪、土壤氮循环监测系统、多通道沉降物捕集器、原子吸收仪、生物显微成像系统、三维荧光光谱仪等设备，可实现常规水质和底质、有机、无机污染物指标、水文指标、水生态指标的测试。预警控制实验室总面积约120m²，用于跨境水环境预警实验室微机房和预警展示。

中心与常州大学联合建设了太湖流域生态环境研究基地，目前研究基地面积440m²，包括常州大学内办公面积15m²，实验科研面积60m²、室外控温控光实验室65m²、滆湖现场工作站300m²。基地已配置了紫外分光光度计、气相色谱仪、风速仪、流速仪、冷冻干燥机、激光粒度仪、AlgaeC型藻类计数及辅助鉴定分析系统、Diving Pam脉冲调制荧光仪、TOC仪、气象站和降雨降尘采集系统等常规的水文、水质、底泥和生物采样和监测设备30余台。拥有1套大型水动力水生态模拟水槽、1套5.5m³动态实验装置，20套小型静态实验装置、1套中试吸水剂制备装置等中试实验装置，承担了太湖流域科研课题的野外监测、小试和中试实验研究、示范工程建设和运行管理等系列工作。