自2008年中心成立以来取得了骄人的业绩和成果。申请成功7项自然科学基金项目，承担了国家水专项6个课题级项目，10余子课题。以流域中心人员为主完成的科研成果，获省部级一、二、三等奖共9项；横向咨询成果，获国家优秀工程咨询一等奖1项，二等奖1项，江苏省工程咨询奖一等奖3项，二等奖3项。

参与第一次和第二次全国污染源普查、全国重点湖库生态安全调查与评估、生态治污调查与评估、全国饮用水水源地基础环境调查与评估、全国地下水基础环境调查与评估，为全国范围的各类环境基础环境调查与评估工作提供了强有力的科技支撑。

组织专家团队深入长江流域的江苏扬州、南通等地，黄河流域的宁夏固原、山东东营等地，紧密结合地方政府打好污染防治攻坚战的实际需求，开展“找问题、提建议、出方案”的科技服务工作，推动科技成果转化、解决突出生态环境问题，在长江经济带生态环境保护修复和黄河生态环境保护与高质量发展方面发挥了积极作用。

研发和集成的河湖相连水系水污染控制的成套技术、湖荡湿地重建与生态修复的成套技术，在太湖平原河网地区污染控制与生态修复中发挥了重要作用，为重污染区河湖相连水系的污染控制和湖荡湿地的水质改善与生态修复提供了技术支撑和示范。太湖流域跨界水环境综合管理平台、中俄跨境水环境谈判决策支持系统和长江经济带水质目标管理平台，有效提升了跨界（境）水环境综合管理和水质目标管理能力；研发了黑臭河道综合整治成套技术，并在乡镇复合污染型河浜及建成区典型河道等多地多类型黑臭水体中得到应用，有利地指导了地方开展黑臭水体的综合整治；水力空化联合臭氧灭杀富营养化藻类、新型石墨烯/碳量子点复合材料对微污染饮用水深度处理、富营养化湖泊底泥钝化剂等一批高新技术的研发，为富营养化水体藻类的处理、微污染饮用水的处理以及底泥的处理处置提供了新的技术和方法。