生态保护与修复研究中心（简称“生态中心”）主要承担生态保护监管政策、法规、规划、标准和技术规范研究拟订工作，以及生态保护红线、生态保护修复工程生态环境、生态系统碳汇等监管、水生态评价考核、湿地保护与荒漠化防治等技术支持工作。目前共有生态系统评估与保护、矿山生态环境治理、气候变化与生态安全等3个学科方向，下设区域生态规划与政策研究室、生态保护红线监管研究室、区域生态评估与修复研究室、矿山生态环境治理研究室、气候变化与生态安全研究室等5个研究室。

生态中心现有科研人员50余名，其中，正高级职称5名，副高级职称18名，中级以下研究人员30余名。江苏省“333高层次人才培养工程”人才3人，国家环境保护专业技术青年拔尖人才2人。与南京信息工程大学、河海大学、郑州大学、南通大学联合培养研究生，现有博士研究生导师1名，硕士研究生导师8名，在读博士后、博士和硕士研究生10余名。

近年来，生态中心主要承担国家和区域生态保护与修复方面的研究工作，在全国生态保护红线划定与监管、生态系统调查评估、山水林田湖草一体化保护修复治理、长江水生态监测评估、矿产资源开发生态保护与环境监管、国家战略区生态环境政策与生态规划、区域生态承载力与生态安全评估预警、气候变化生态响应与应对、生态环境损害鉴定评估、生态产品价值实现机制等方面开展了大量工作，积累了大量的第一手数据资料和丰富的理论与实践经验。

在生态保护红线划定与监管方面，作为生态环境部该项工作的核心技术支撑单位，自2012年以来持续承担生态环境部重点项目“生态保护红线划定与管控”，完成国家生态保护红线划定顶层设计，制定生态保护红线划定指南、全国各省（区、市）生态保护红线分布意见建议、生态保护红线划定方案技术审核规程、生态保护红线勘界定标技术规程、生态保护红线保护成效评估技术指南等一系列技术文件与标准规范，为指导各地生态保护红线划定工作发挥了重要作用。研究建立了涵盖规划计划、调查监测、评价预警、核查执法、责任追究、损害赔偿等全链条生态保护红线监管技术体系，为实施生态保护红线科学精准监管奠定基础。在矿山生态环境保护方面，开展了不同区域不同类型矿山生态保护与修复技术体系研究，制定了矿山生态环境保护与修复治理技术规范和方案编制技术导则，针对矿山生态调查、成效评估、损害评估等方面提出了重要政策建议。在气候变化与生态安全方面，开展了区域生态承载力与生态安全评估预警技术、典型自然保护区气候变化风险评估和管理、环保领域适应气候变化政策等研究，建立了区域生态承载力与生态安全评估预警技术体系、典型自然保护区气候变化风险评估系统。在生态评估与修复方面，作为核心技术支撑单位实施全国生态状况变化调查与评估，开展区域复合生态系统状况调查评估与问题诊断方法研究，湿地、草原、荒漠化地区等生态系统退化驱动机制识别、环境污染生态效应及生态修复成效评估技术研究。